Il existe des Pokémon que l'on ne rencontre qu'une seule fois dans les jeux Rubis Saphir et Emeraude.
Mophéo (Centre Météo)
Lilia (Fossile du Désert)
OU
Anorith (Fossile du Désert)
Arcko, Gobou ou Poussifeu (début de jeu)
Terhal (Maison de Pierre, Algatia)
Regirock (Ruines du Désert)
Regice (Ruines Antique des Océans)
Registeel (Ruines Antiques de la Terre (route 120)
Latios & Latias (Rubis & Saphir) après la Ligue Pokémon